Ekosystemy zdają się być zdominowane przez rośliny i zwierzęta, czyli organizmy wielokomórkowe. Jednak od czasu wynalezienia mikroskopu, wiemy, że otacza nas również bogactwo organizmów niewidzialnych gołym okiem. Świat mikroorganizmów jest pod wieloma względami bardziej zróżnicowany od tego, który widzimy, a składają się na niego zarówno powszechnie znane bakterie, jak i protisty.